Predlog za organizaciju Agroekonomskog instituta potekao je davne 1960. godine, kad se proizvodnja Poljoprivrednog kombinata "Beograd" značajnije proširivala, a mogla je i više, ali su bila potrebna nova rešenja putem stvaranje boljih rasa i sorata i novih proizvoda za tržište.

Po uzoru na svetske kompanije koje imaju svoje naučne centre, Poljoprivredni kombinat "Beograd" je osnovao u srcu same proizvodnje naučni Institut PKB Agroekonomik.

Formirani su u početku istraživački timovi za ratarstvo, voćarstvo, govedarstvo, svinjarstvo ..., a mladi i talentovani kadrovi iz neposredne proizvodnje stavljani su na predložene razvojne naučne zadatke.

Polako su se ređali uspesi, kadrovski ojačavao i proširivao Institut da bi početkom 70-ih godina prošlog veka imao 179 radnika i bio organizovan po zavodima i to za: ratarstvo i povrtarstvo; voćarstvo i vinogradarstvo; stočarstvo i veterinarstvo; industrijsku preradu biljnih i stočnih proizvoda; mehanizaciju; šumarstvo i preradu drveta; šećer i vrenje; ekonomiku i razvoj; hemijska i mikrobiološka istraživanje, a najkasnije i Zavod za obrazovanje kadrova, automatsku obradu podataka i društvene odnose i informisanje, jer su novi programi kako u Kombinatu i zemlji tako i u inostranstvu podrazumevali stalno organizaciono prilagođavanje.

S obzirom da se u carstvu bilja i životinja kriju mnoge tajne o značaju gena u biljnoj i stočarskoj proizvodnji, koji nose kvalitet i progres i koji su uslov da proizvodnja bude ekonomična vode računa selekcioneri i oplemenjivači u ratarskoj, voćarskoj, govedarskoj i svinjarskoj proizvodnji.

Tako je i u institutu PKB Agroekonomina možnajinteresantnijom istraživačkom poligonu u Evropi u oblasti poljoprivrede stvoreno 21 sorta pšenice, priznata 1 sorta ječma, 25 hibrida kukuruza, 1 hibrid šećerne repe i više sorti voća.

U Centru za reprodukciju su bikovi za proizvodnju elitnog semena, tu se rodio i stasao bik Kristal, koji je kao embrion stigao preko okeana i ne samo on, nego i drugi bikovi čije sjajno potomstvo nastavlja večiti krug reprodukcije.

Stanica za progeni i performans test svinja predstavlja temelj za poboljšanje genetske osnove populacije svinja ne samo u sistemu PKB već i znatno šire.

Između 80-ih i 90-ih  godina kad je Institut bio u zenitu razvoja i moći sa preko 400 zaposlenih programirano je preko 50 različitih makroprojekata u svim oblastima ratarske, stočarske, voćarsko-vinogradarske proizvodnje i razvoja društveno-ekonomskih odnosa. U ovim makroprojektima sadržano je preko 200 projekata i preko 600 istraživačko-razvojnih zadataka.

Od 1993. godine Institut je registrovan kao naučnoistraživačka organizacija Ministarstva za nauku i zaštitu životne sredite i realizuje više naučnih projekata koje sufinansira Ministarstvo.

Rukovodstvo Instituta odlučuje da se 1992. godine izdvoji iz PK "Beograd" i formira samostalnu HK AGroekonomik. Već 1995. sledi nova transformacija i Institut se sa zavodima za ratarstvo i povrtarstvo, voćarstvo i vinogradarstvo i stočarstvo i veterinarstvo vraća kao zavisno preduzeće u PKB Korporaciju i posluje sa 150 zaposlenih.

Teško stanje u zemlji, a posebno u agraru, nedostatak gotovog novca u okruženju i Instituta, uticali su u velikoj meri da izgubimo korak sa svetskom naukom a onda 2002. godine još jedna transformacija kada se iz Instituta izdvaja Zavod za stočarstvo i veterinarstvo sa istraživačkim poligonima - Centar za reprodukciju i VO i stanica za progeni test svinja.